2001年3月9日，全市农村税费改革工作会议召开。农村税费改革的基本内容概括为“三个取消、一个逐步取消、两个调整、一项改革”，市委、市政府决定办好祁阳县茅竹镇试点、指导好芝山区黄田铺镇和江永县夏层铺镇两个试点。2002年，按照“减轻、规范、稳定”的原则，在全市全面推行农村税费改革，新的农村税费制度框架初步确立。全市农户签字率达到98% ，农民人平负担48.72元，亩平负担63.35元，比1999年和2001年分别减负55.9% 、 52.6% 。2003年，全面落实农村税费改革政策的到村到户工作，全市减轻农民负担13793万元，减幅达37% 。
2004年全面深化农村税费改革，降低农业税税率3个百分点，取消除烟叶以外的农业特产税，直接减轻农民负担；对种粮农民实行粮食补贴、良种补贴和农机具购置补贴政策，全年共拨付三项补贴资金9147万元。2005年，全面落实农业税免征政策，继续对种粮农民实行“三补一保”，使全市487万农民从中得到1.22亿元的实惠。继续实施退耕还林、生态效益林补贴制度，全年共发放退耕还林资金10878万元。2006年，全市各级财政以“一卡通”的形式发放粮食直补、良种补贴、农机具购置补贴、综合直补资金1.58亿元。2009年，全市共拨付粮食直补等“四项补贴”5.25亿元。
