1990年7月以后，地委、行署开始探索国有大中型企业产权制度改革。1991年底，将地区化肥厂与永州市东风氮肥厂、化工总厂合并为零陵地区化工集团。1993年，对冷水滩水泥厂进行股份制改造，成立湖南九嶷水泥股份有限责任公司，并向社会公开募集股金，以扩大生产能力。1994年，对债务严重的零陵纸厂实行“母体裂变”，组建“零陵潇湘纸业公司”，对老厂停产整顿，由纸业公司将其原有设备、资产实行租赁经营。此后，各县市相继对所属企业进行股份合作、分块搞活、破产重组、租赁经营等形式的产权制度改革。

　　1997年10月27日，市委召开常委扩大会议，专题研究国有企业改革方案。会议要求各级各部门要以十五大精神为指针，紧紧抓住变革产权这一根本，全面推进国有经济的民营化进程；把企业改革与改组、改革与管理、改革与综合配套改革结合起来，在重构永州市微观经济基础的同时，全面构建社会主义市场经济的基本框架。11月，市委作出《关于进一步深化国有企业改革的若干规定》，力争到1999年底，实现现代企业制度基本建立、国有经济基本走出困境、企业改革与发展的良好社会条件基本具备的目标。12月，市委、市政府成立永州市国有企业改革领导小组。1999年，市委、市政府组织大型考察团，到浏阳市学习国企产权制度改革的经验，开始在市内进行以“两个置换”（置换国有企业产权，置换国有企业职工身份）为主要内容的改革尝试。此后，选择潇湘纸业公司和九嶷山制药厂进行两个置换的试点。同时，加快零陵制药厂、市农药厂和冷水滩造纸厂的资产重组工作步伐。1999年11月，中共永州市一届八次会议研究部署全市国有企业改革和发展工作，会议提出：力争2000年大多数国有大中型亏损企业摆脱困境，到2007年时，大体完成国有经济的战略性调整和改组，形成具有永州特色、比较合理、优化的国有经济布局和结构。

　　2000年10月，冷水滩造纸厂成功完成债转股，加入岳阳纸业集团，成为岳阳纸业集团永州湘江纸业有限责任公司，从而实现了市内企业实行资产重组的突破。2001年，全面启动以“两个置换”为主要内容的国有企业改革。2002年，零陵制药厂由湖南时代阳光集团公司承担债务和整体兼并，市九嶷山制药厂依法破产后由永州市潇信公司整体收购，市农药厂由湖南海利集团有限公司整体兼并。3家企业共引入置换资金 1000余万元，盘活净资产3400万元，置换职工人数700多人，实现体制创新和机制创新。2003年，市委二届五次全会明确提出把2004年作为国企改革年，在全市打一场国企改革的总体战和攻坚战。市委、市政府成立由市委书记、市长负总责的市国有企业改革领导小组，负责组织、指导国有企业改革工作，出台《关于进一步抓好市直国有企业产权制度改革工作的意见》《永州市市直国有工交企业置换职工身份实施细则（试行）》《永州市市直国有工交企业产权转让实施细则（试行）》等 5个配套政策文件。2004年，市委、市政府决定市本级和全市各县区均建立国有产权交易中心，所有国有资产处置全部纳入产权交易中心进行集中统一、规范有序地交易。